Yo estuve el septiembre pasado. Un primer consejo, si hace buen tiempo alquila una bici. Es la mejor forma de moverse con total libertad a cualquier hora del día y pese a que es una gran ciudad te respetan un montón todos los conductores (yo no suelo utilizar bici en España).

Como sitio original para salir te recomiendo el Bar 25. Está en Holzmarktstrasse, 25. Si vas por el día sólo se ve una puerta de un despampado, pero por la noche está muy bien, la entrada creo que es gratis y es un sitio con una casa de madera y otras barras al aire libre al lado del río. Buena gente y buena música.
También hay un antiguo edificio okupa que ahora tiene bastantes sitios con 'rollete alternativo'. Galerías de artistas, pequeños cines, conciertos... estuvimos en un concierto en el garito de la última planta y te aseguro que vale la pena ir. Está en Oranienburger str. 54. No te asustes cuando veas las escaleras y entra por los pisos y 'fisgonea'.
Por la zona de Prenzlauer Berg está el ICON que es una especie de antiguo refugio subterráneo. El sitio es chulo pero depende del día ponen una música, Hip hop, drum and bass... y por allí hay garitos y restaurantes que están bien. También en esa zona está bien una antigua fábrica de cerveza que ahora está llena de garitos y restaurantes. la Kulturbrauerei en Schonhauser Allee.
En fin, espero haberte ayudado. Y disfruta Berlín porque es una pasada.