Clima parecido
Precio mas caro en malasia
Transporte mas tipo occidental en malasia
El turismo en indonesia esta centrado sobre todo bali en el resto hay bastante poco.
Traking en los dos paises pero en malasia te saldra bastante mas caro
Playas en los dos pero en malasia olvidate de topless y fiestas varias
Orangutanes para turismo "normal" hay dos zonas en indonesia: tanjung puting (el mejor sitio, en kalimantan, borneo) y bukit lawang (en sumatra) en malasia en sepilok (sabah)
Si el objetivo de tu viaje son los orangutanes y playas yo te recomendaria indonesia, mas barato y gente mas abierta.

Mirate emirates que salia barato ademas puedes hacer escala de un par de dias en dubai por el mismo precio.
Otras baratas: turkish, qatar, klm
Mas caras: singapore (desde bcn es la que tiene mejor horario), thay
Vuelan casi todas pero las que te he dicho son las mas baratas.
Desde españa solo puedes ir directamente a bali o jakarta.
Puedes llegar a bali y salir por jakarta o al reves, es una buena opcion si quieres ver cosas y no tener que volver al mismo sitio.