Mi sugerencia es que cuando lleguéis a Cusco, os vayais de frente al Valle Sagrado de los Incas, queda a 35 minutos en carro de Cusco, con los colectivos te cuesta 3,5 soles, es un Valle precioso, mucho más tranquilo que Cuzco y más fácil de aclimatarse, pues está a 2.900 m, uno de los pueblos más bonitos es Pisac, puedes encontrar alojamientos de todos los precios desde 15 soles hasta 150 soles, te recomiendo el Hospedaje Chaska Pisac, por calidad precio ok, queda al lado de la entrada del pueblo despues de cruzar el puente.
Desde Pisac puedes hacer excursiones de un día a todo el Valle Sagrado, las comunidades, las lagunas de Quinsacocha(preciosas, parece estar en la peli el señor de los anillos) y incluso Machupicchu.
Te puedes quedar por aquí unos 10 días, luego te vas para Cusco, en 2 -3 días está vista, y de allí, que ya estarás habituado a la altura puedes ir dirección, Puno, el Lago Titicaca, Copacabana, el Salar de Uyuni, y a partir de ahí decides hacia donde tirar.
Saludos y que tengais un feliz viaje